変数cを用意し、0で初期化します。
そしてwhile構文内で以下のような処理を繰り返させます。

キー入力を待つ
↓
キー入力の値を変数cに格納
↓                                                                                   
キー入力がCTRLならループを続ける。
　　　　　　　CTRLでないならばループを終える

while構文はカッコ内の条件を満たすまでループを続けますので、その間ゲームが止まるというわけです。ただ、その間他の処理ができません。

2．止めた上でいろいろな処理ができるようにする
使うのはinstance_deactivateという関数です。
この関数はインスタントをdeactive状態にします。
deactive状態のオブジェクトは一切の処理を行わなくなります。スプライトの描画もストップされるため、画面上から姿を一切消した状態となります。
ただ、その直前の状態をすべて保持するため、再びアクティブにすることで直前の状態を保ったまま復帰させることができます。

例えば画面内に敵(obj_enemy)、敵の撃った弾(obj_enemy_bullet)、プレイヤーキャラ(obj_player)、
プレイヤーの撃った弾(obj_player_bullet)
があったとした場合、これらをdeactive状態にしてやればよいわけです。
例

1. if(stop=0 && keyboard_check_pressed(vk_space))
2. {
3.         if(instance_exists(obj_enemy))instance_deactivate_object(obj_enemy);
4.         if(instance_exists(obj_player))instance_deactivate_object(obj_player);
5.         if(instance_exists(obj_player_bullet))instance_deactivate_object(obj_player_bullet)
6.         if(instance_exists(obj_enemy_bullet))instance_deactivate_object(obj_enemy_bullet)
7. stop = 1;
8. }

また、以下のようなコードを入力すると元の状態に戻すことができます。
 

1. if(stop == 1 && keyboard_check_pressed(vk_space))


2. {


3.       instance_activate(all);


4.       stop = 0;


5. }